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经过10多年来的发展，我国已形成了云南、四川小粒种优势产区和海南中粒种优势产区，其中云南种植面积占总面积的98.67%、四川0.86%、海南0.46%，种植区域相对集中，品种布局合理，品种类型与气候类型相匹配。
中国热带农业科学院香饮所从1957年开始进行咖啡科研攻关，在咖啡品种改良、病虫害防控、加工等方面不断探索，让国内咖啡平均亩产从60斤增加到300斤。
为了选育出适合我国热区气候和土壤条件的本地咖啡品种，热科院香饮所先后收集了来自墨西哥、喀麦隆、马来西亚、巴西等国的大、中、小粒种咖啡种质200多份，采用人工杂交、嫁接、诱导等方式培育出一批适宜我国气候和种植条件的中、小粒品种。
2014年热科院香饮所在我国小粒咖啡主产区云南建省立咖啡创新中心，2015年又联合我国中粒咖啡主产区海南省万宁市政府创建万宁兴隆咖啡研究院，逐步构建从资源育种、耕作与栽培、病虫害防控到产品深加工的全产业链咖啡研究体系。
万宁兴隆咖啡研究院院长龙宇宙介绍，热科院在强化咖啡品种改良的同时，不断加大推广咖啡标准化种植，确保咖啡优质、高产。先后制定了咖啡种子种苗、咖啡种苗繁育技术规程、咖啡栽培技术规程、小粒种咖啡初加工技术规范、小粒种咖啡豆分级等28项标准，形成咖啡生产从种植到贸易全过程的技术支撑体系。
为了让咖啡标准化种植技术易学易懂，热科院香饮所还编制了《咖啡高产栽培技术》、《小粒种咖啡优质高产栽培技术图解》、《咖啡栽培及初加工技术》、《小粒咖啡标准化生产技术》等图册和书籍，免费送给咖啡种植。该所研发的《中粒种咖啡8个无性系的选育》获国家科技进步三等奖。
据统计，2014年，我国咖啡单产达150.05公斤/亩，较2001年增加66.72公斤/亩，增长80.07%，比世界单产47.2公斤/亩高217.9%，居世界领先地位。
龙宇宙称，通过科技带动，我国咖啡生产经营主体已由分散小农户向专业大户、专业合作社、龙头企业等新型经营主体转变，生产组织化程度明显提升。同时，咖啡初加工及精深加工技术不断提升，产品数量、质量和种类也不断丰富。
目前以咖啡单一作物种植为主，群落结构单一，生物多样性差，抵抗自然灾害和市场风险能力弱。咖啡园开垦质量差，基础设施不配套，水土流失严重。种植密度过大，后期产量下滑严重。测土配方和水肥一体化等新技术应用少、普及率不高。对病虫害、低温寒害、干旱等缺乏预测预报和综合防控。鲜果采收标准实施不规范，导致品质下降。
“从消费需求和经济效益两方面看，咖啡产业的发展潜力都很大。”龙宇宙介绍，现在每年世界咖啡平均消费增长率约2.48%，我国的消费增长率则在10%以上。按目前平均亩产300斤、每斤40元收购价格计算，除去生产成本，每亩平均效益约1200元，仍有较大提升空间。
“虽然咖啡产业前景看好，但品种单一问题也制约着我国咖啡产业发展。”龙宇宙坦言，目前，卡蒂姆系列杂交品种占我国咖啡总面积的95%以上，该系列品种具有抗锈、矮杆、投产早、产量高、见效快等优点，但也存在稳产性差、易早衰和品质差等缺陷。随着种植年限的延长和锈菌生理小种分化，该系列品种已开始出现抗锈病能力退化问题，而且大规模单一品种种植，还存在抵御旱害、寒害等自然灾害能力低的风险。在耕种模式方面，又因为咖啡多以单一作物种植为主，生物多样性差，抵抗自然灾害和市场风险能力弱。
云南省普洱市思茅区大开河村是热科院香饮所的科技扶持定点村，2004年成立咖啡专业合作社，吸纳社员363户，咖啡面积约1万亩。龙宇宙告诉记者，该村通过推广复合栽培，减少了咖啡天牛虫害和黑果病，咖啡豆品质显著提高，亩产效益提高到2500元。
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